Здравствуйте.

Действительно. Если исходить из "Порядка проведения ГИА" приказ от 26 декабря 2013 г. N 1400.

Глава 3 пункт 12

Выпускники прошлых лет при подаче заявления предъявляют оригиналы документов об образовании

Однако, на практике, как Вы сами могли заметить, оригиналы документов не выдаются вузом по устной просьбе и выдаются только по окончанию вуза (сдачи обходного листка в канцелярию). Возможно, в какой-то степени это самоуправство вуза и нежелание его передать документ законному владельцу с целью использования аттестата по прямому назначению (а именно предъявлению по месту требования), что приводит к некоторым сложным бюрократическим процедурам (а именно написание заявления на выдачу, последующий возможный отказ в устной форме и дальнейшие разбирательства со службами вузов, либо получение аттестата или его заверенной нотариальной копии, если такая возможность есть у вуза).

Имено поэтому рекомендовали Вам обойтись обычной заверенной копией (на практике в прошлые годы этого хватало и проблем не возникало), так как все граждане предупреждаются о недопустимости предоставления ложных сведений, и что это ведёт к уголовной ответственности. Естественно оригинал документа удостоверяющего личность должен быть при себе. Сотрудники МФЦ стали с большей ответственностью относиться к приёму документов от граждан желающих сдать ЕГЭ.
При подаче заявления аттестат у вас не заберут и сами сделают копию для дальнейшей передачи комплекта документов в управление образования.

Данная проблема по большому счёту оказалась на текущий момент возможной лишь в Благовещенске (обрабатывают заявление не сотрудники МФЦ), так как в других муниципалитетах сбор сведений проходит немного по другой схеме, где специалист управления или отдела образования может сразу уточнить по телефону в вузе или ссузе о студенте и сверить номер копии и оригинала, а также другие данные аттестата.

В данном случае рекомендуем обратиться в вуз (можно сразу к ректору) с письменным заявлением на выдачу оригинала аттестата для подачи заявления на ЕГЭ.